Headline: We are looking for a creative bioinformatician seeking experience in a combined academic/industry setting. You work well independently and as part of a team and you have broad experience with NGS and transcriptomics data. As part of the team for our GAPP Project , you'll be working directly with Dr. Petropoulos and with Juniper Genomics on our mission to improve IVF outcomes. This role can be in-person or hybrid, fully remote but must be based in Canada.

Background: The Petropoulos lab is a high-profile academic powerhouse, at the forefront of understanding the multi-omics of early human development and fertility. Dr. Petropoulos' work at the CRCHUM and the Karolinska uses cutting edge molecular biology techniques including single-cell genomic-sequencing, single-molecule RNA FISH, imaging, phenotyping, in vitro and in vivo models, and bioinformatics. Juniper Genomics is a Seed-stage venture-backed start-up using genomics and modern data science to improve IVF success rates and access, reducing the burden of trying to conceive. We are a team of expert operators and advisors in genomics, medicine, ethics and business; and we're committed to rigorous science paired with thoughtful ethics, kindness, honesty, and respect for families' informed decisions.

What you'll do:

• Set up and maintain a Nextflow tower to run and track jobs
• Establish processing, quality control, storage and analysis of high-throughput single-cell molecular data
• Perform single cell workflow experiments focused on transcriptome/epigenome
• Design and run synthetic data experiments to characterize pipeline performance
• Work closely with team members to establish and integrate ELN/LIMS systems across CRCHUM, Juniper and external service providers

Qualifications:

• PhD in Bioinformatics, Biology, Genetics, Biochemistry, Molecular/Cellular biology, Pharmaceutical Sciences, or Medical or Master's degree with equivalent work experience
• Expertise with large-scale computing, high-throughput data handling, biological data analysis (e.g. RNA-seq, CNV/SNV/SV analysis, and Methylation)
• Experience programming with scripting languages such as Python/R and Perl, Linux/Shell scripting, standard bioinformatics tools (e.g bcftools, GATK suite) as well as the design and implementation of relational databases
• AWS experience is a plus
• Priority will be given to those with a good knowledge of biology and previous participation in research activities/projects/publications.
• Impeccable organizational skills, drive and independence
• Excellent spoken and written English

How to apply: Please send your CV, transcripts, and cover email to by May 15th. Position is looking to be filled immediately. Successful candidates will be contacted directly for interviews.

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Chercheur post-doctoral en génomique pour un partenariat industriel

Titre: Nous sommes à la recherche d'un bioinformaticien créatif qui souhaite acquérir de l'expérience dans un environnement à la fois universitaire et industriel. Vous avez la capacité de travailler en équipe et de façon autonome, et avez une grande expérience des données NGS et transcriptomiques. En tant que membre de l'équipe du projet GAPP, vous travaillerez directement avec la Dre Petropoulos et avec Juniper Genomics dans le cadre de notre mission visant à améliorer les résultats de la FIV. Ce rôle peut être exercé en personne, de manière hybride, ou entièrement à distance, mais doit être basé au Canada.

Contexte: Le laboratoire Petropoulos fait partie d'un centre universitaire de haut niveau, à la fine pointe de la compréhension de la multi-omique du développement humain précoce et de la fertilité. Les travaux de Dre Petropoulos au CRCHUM et au Karolinska font appel à des techniques de biologie moléculaire de technologie avancée, notamment le séquençage génomique d'une seule cellule, la FISH de l'ARN d'une seule molécule, l'imagerie, le phénotypage, les modèles in vitro et in vivo, et la bioinformatique. Juniper Genomics est une start-up financée par une entreprise en phase de démarrage qui utilise la génomique et la science moderne des données pour améliorer les taux de réussite de la FIV et l'accès à celle-ci, réduisant ainsi le fardeau des tentatives de conception. Nous sommes une équipe d'opérateurs et de conseillers experts en génomique, en médecine, en éthique et en affaires ; et nous nous engageons à une science rigoureuse associée à une éthique réfléchie, à la gentillesse, à l'honnêteté et au respect des décisions éclairées des familles.

Ce que vous ferez :

• Mettre en place et maintenir une tour Nextflow pour exécuter et suivre les travaux.
• Établir le traitement, le contrôle de la qualité, le stockage et l'analyse des données moléculaires unicellulaires à haut débit.
• Réaliser des expériences de flux de travail à cellule unique axées sur le transcriptome.
• Concevoir et exécuter des expériences de données synthétiques pour caractériser les performances du pipeline.
• Travailler en étroite collaboration avec les membres de l'équipe pour établir et intégrer les systèmes ELN/LIMS à travers le CRCHUM, Juniper et les fournisseurs de services externes.

Qualifications :

• Doctorat en bioinformatique, biologie, génétique, biochimie, biologie moléculaire/cellulaire, sciences pharmaceutiques ou médicales, ou maîtrise avec expérience professionnelle équivalente.
• Expertise en matière de calcul à grande échelle, de traitement de données à haut débit, d'analyse de données biologiques (par exemple, ARN-seq, analyse CNV/SNV/SV et méthylation).
• Expérience de la programmation avec des langages de script tels que Python/R et Perl, des scripts Linux/Shell, des outils bioinformatiques standard (par exemple bcftools, suite GATK) ainsi que de la conception et de la mise en œuvre de bases de données relationnelles.
• Une expérience d'AWS est un plus
• La priorité sera donnée à ceux qui ont de bonnes connaissances en biologie et qui ont déjà participé à des activités/projets/publications de recherche.
• Compétences organisationnelles impeccables, dynamisme et indépendance.
• Excellent anglais parlé et écrit.

Comment postuler : Veuillez envoyer votre CV, vos relevés de notes et un courriel de présentation à avant le 15 mai. Le poste est à combler immédiatement. Les candidats retenus seront contactés directement pour un entretien.